Z velkoplošných zvláště chráněných území zasahuje na území pouze Chráněná krajinná oblast Třeboňsko. Proto se při zkoumání nejbližších zvláště chráněných území zaměříme na maloplošná zvláště chráněná území Táborska.
Tato maloplošná území spadají pod správu nejbližších chráněných krajinných oblastí, což jsou Blaník, Blanský les a Třeboňsko.
V současnosti je na Táborsku vyhlášeno celkem 30 maloplošných zvláště chráněných území: