Flóra a vegetace
Nejcennější biotopy v území představují tůně a slepá ramena. Pro jejich
vegetaci je rozhodující stupeň zazemnění, míra zástinu, hloubka a kvalita
vody. Kvalita vody je ovlivňována kvalitou vody v řece a také kvalitou vody
proudící sedimenty nivy z výše položených zemědělsky využívaných pozemků.
Vodní plochy hostí mozaiku společenstev vzplývavých a plovoucích vodních
rostlin. Častý je stulík žlutý s velkými žlutými květy, eliptickými,
na hladině položenými listy a statnými, na dně plazivými oddenky,
z nichž vyrůstají řapíky listů i květní stopky. Dosti hojná je zde také
žebratka bahenní (v ČR ohrožený druh) nápadná začátkem léta přímo nad vodní
hladinou kvetoucími hrozny bílých či bělorůžových květů. Vzácně lze ve vodě
najít masožravou bublinatku jižní, která má ponořené listy s vláskovitými
úkrojky a žluté květy v hroznovitých květenstvích nízko nad hladinou. Drobné
vodní bezobratlé živočichy získává sáním vody do lapacích měchýřků na
listech, následně je v těchto pastech tráví pomocí zde vylučovacích enzymů.
Místy v tůních rostou také silně ohrožené druhy voďanka žabí a rdest
ostrolistý. Na zazemňujících se okrajích větších tůní a v tůních s nízkým
vodním sloupcem a výrazně kolísající vodní hladinou se vyskytují porosty
vysokých bažinných bylin jako jsou halucha vodní, žabník jitrocelový,
šípatka střelolistá a zevar jednoduchý. Ve všech stojatých vodách najdeme
drobné druhy z čeledi okřehkovitých. Vodní plochy obklopují vysokobylinné
mokřadní porosty. Jsou tvořena převážně mozaikou porostů konkurenčně silných
druhů, trav a ostřic. Z trav se jedná především o zblochan vodní, chrastici
rákosovitou a třtinu šedavou. Z ostřic lze jmenovat ostřici štíhlou,
ostřici měchýřkatou a ostřici liščí. K těmto dominantám nejčastěji
přistupují následující druhy bylin: smldník bahenní, vrbina obecná,
konopice dvouklaná, šťovík vodní, kosatec žlutý, pcháč bahenní a kopřiva
dvoudomá. Z ochranářsky významných druhů zde rostou: vrbina kytkokvětá,
rozpuk jízlivý, mochna bahenní a žluťucha lesklá. V mokřadních porostech
podél Lužnice dominuje chrastice rákosovitá nebo ostřice Buekova. Často
zde potkáváme i rozrazil dlouholistý, který patřík ohroženým druhům naší
flóry.
Rostlinná společenstva nivních luk jsou výsledkem činnosti člověka v nivě
Lužnice. Na porosty mokřadních lad navazují vlhčí louky, jejichž dominantami
bývají trávy medyněk vlnatý, psárka luční, metlice trsnatá či bezkolenec
modrý. V loukách roste řada běžných lučních druhů, kromě nich zde najdeme
také typické druhy bezkolencových luk jako řebříček bertrám, svízel severní,
bukvice lékařská nebo čertkus luční. Významný je výskyt několika druhů tzv.
červeného seznamu: místy lze nalézt sivozelené rostliny ohroženého ptačince
bahenního, jen velmi vzácně zde rostou ohrožené druhy prstnatec májový,
vachta trojlistá, pupečník obecný, třezalka rozprostřená a silně ohrožené
druhy kruštík bahenní, ostřice odchylná a tolije bahenní. Část luk v dnešní
přírodní rezervaci byla v 80.letech využívána jako pole, dodnes je můžeme
snadno poznat podle jejich nízké druhové rozmanitosti. Maloplošně se v nivě
Lužnice vyskytují také suché nízkobylinné trávníky, jejichž nejnápadnějším
druhem je v jižních Čechách velmí vzácná trávnička obecná.
Vegetační mozaiku území doplňují bětšinou nevelké porosty dřevin.
V blízkosti tůní jsou časté mokřadní vrbové křoviny - vzhledem k vysoké
pokryvnosti keřového patra je jejich bylinné patro velmi slabě vyvinuto,
případně jsou křoviny zcela bez podrostu. Obdobný charakter mají také
křoviny růžově kvetoucího tavolníku vrbolistého, typické pro Třeboňskou
pánev a Hornovltavskou kotlinu. Fragmentárně se dochovaly porosty
potenciální přirozené vegetace celé říční nivy - lužní porosty
střemchových doubrav a olšin s dominujícím dubem letním, olší lepkavou
a vrbou křehkou. V podrostu roste především ostřice třeslicovitá, kterou
snadno poznáme podle velkých, větrem "učesaných" porostů. Další lesíky
(remízky) a liniový stromový doprovod Lužnice mají charakter výsadeb.
Kromě již uváděných dřevin se v nich vyskytují také topol kanadský, topol
osika, bříza bělokorá, jasan ztepilý, jilm vaz a další. V těchto porostech
jsou bohužel časté také dva u nás nepůvodní a rychle se šířící druhy
netýkavek: netýkavka malokvětá a netýkavka žláznatá. Oba druhy pocházejí
z oblasti Himaláje a jejich výskyt v chráněném území je nežádoucí.
Zajímavým druhem vyskytujícím se v lesích je také smrtelně jedovatý
bolehlav plamatý - až 2m vysoká mrkvovitá rostlina páchnoucí při vadnutí
myšinou(jde o známý jed starověku a středověku - odvarem z bolehlavu
a dalších jedů byl například v roce 399 př.n.l. otráven řecký filosof
Sokrates).