Rostliny
Nejcennější lesní porosty území představují Rašelinné blatkové bory. V jejich stromovém patru dominuje mokřadní borovice blatka (Pinus rotundata) a doplňují ji břízy – jak běžná bříza bělokorá, tak na rašeliniště vzácná bříza pýřitá (B. pubescent), smrk ztepilý (Picea abies) či borovice lesní Pinus sylvestris). Ze zdejších rozsáhlých blatkových borů se po těžbě zachoval pouze fragment, který je navíc ohrožen nízkou hladinou podzemní vody a působením kůrovců, především Lýkohuba menšího (Tomicus minor). V blatkových porostech se proto dnes vyskytují převážně jen staré exempláře, které postupněodumírají, zatímco zmlazování blatky je jen minimální. Nežádoucí je také křížení blatky s borovicí lesní, tento kříženec se jmenuje borovice podvojná (pinus x digenea). Nejznámější blatkou v území je tzv. Blatská princezna . Dnes už usychající soukmenný exemplář as stoletého stáří, který stojí nedaleko chodníku naučné stezky. Mozaiku lesních porostů v území doplňují Rašelinné bory s dominující borovicí lesní a místy také mokřadní náletové Březiny, v nichž převažuje bříza bělokorá.
V keřovém patru uvedených lesních společenstev často roste kromě onou zmíněných bříz také krušina olšová (Frangula alnus), jejíž peckovice během zrání mění svou barvu od zelené přes červenou až po černou. V podrostu dominuje statná sivozelená trsnatá tráva bezkolenec modrý (Molinia caerulea) spolu s několika druhy keříčků – ať jde už o běžné lesní druhy jako borůvka (Vaccinium myrtillius), brusinka (V. vitis-idaea) či vřes obecný (Calluna vulgaris) anebo se jedná o druhy bezprostředně vázané na rašeliništní prostředí - keříky vlochyně bahenní (Vaccinium uliginosum) a rojovník bahenní (Ledum balustre). Významné jsou také trsnaté kapradiny – kapraď osténkatá (Dryopteris carthusiana). Výtrusné rostliny zastupuje i ohrožená a chráněná plavuň pučivá (Lycopodium annotium).
Ve skladbě dřevinné vegetace nechybí ani mokřední křoviny tvořené několika
druhy vrb. Nejčastější jsou vrba popelová (Salix cinerea) a vrba ušatá
(Salix aurita). Především na lemovaných křovinách roste až stromová vrba pětimužná
(Salix pentandra). Hodnotné jsou i keřové porosty ohroženého, řůžově kvetoucího
tavolníku vrbolistého (Spiraea salicicifolia).
V místních poznamenaných někdejší ruční těžbou rašeliny se vyskytují Ostřicovo-rašelinová a suchopýrová společenstva. V podmáčených sníženinách většinou dominují ostřice (Crex) – traviny. Rozsáhle porosty vytváří především ostřice zobánkatá (Carex rostrata). Vzácný vegetační typ představují často sterilní porosty silně ohrožené a chráněné ostřice plstanatoplodné (Carex lasiocarpa) s nenápadně dlouhými svinutými listy se zakroucenými špičkami. Nechybí ani dva nízké trsnaté druhy – ostřice ježatá (Carex echinata) a ostřice šedová (Carex canescens). Ve sníženinách je také hojný suchopýr úzkolistý (Eriophorum angustifolium) který má často zbarvené listy a převislé klásky po odkvětu s dlouhými bílými chlupy. Velmi vzácně se zde vyskytuje suchopýr štíhlí (Eriophorum gracile). K vzácným druhům patří také naše jediná červeně kvetoucí mochna – mochna bahenní (=zábělník bahenní, Potentilla palustris).
Mechové patro tvoří především koberce rašeliníků.
Jednotlivé druhy se liší stavbou svého těla i barvou. Jejich lístky obsahují
kromě zelených buněk i tzv. hyalocysty – velké bezbarvé buňky, které mají
schopnost zadržovat velké množství vody. Rašeliníky aktivně okyselují svoje
prostředí a špatně se rozkládají, proto po odumření spolu se zbytky různých
travin tvoří základní materiál zdejší rašeliny. Po kobercích rašeliníků se
plazí tenké dlouhé větvičky dalšího keříku klikvy bahenní (Oxycoccus palustris),
již se na blatech říkalo „mechnice“. Nápadné jsou jak její růžově zbarvené
květy, tak její červené bobule.
Na vyvýšených bezlesích místech nejčastěji roste bezklonec modrý a trsnatý
suchopýr pochvatý (Eriophurum vaginatum).
Ve vyhloubeninách najdeme rašelinná jezírka a tůně, v nichž se vyskytují
dvě žlutokvěté vodní masožravé rostliny – větší bublinatka jižní
(Utricularia australis) a drobná, silně ohrožená bublinatka menší
(Utricalaria minor). Jsou schopné během zlomku sekundy nasát vodu s drobnými
bezobratlými živočichy do lapacích měchýřků na listech a následně kořist v
těchto pastech strávit. Vzácně objevíme silně ohrožený a chráněný druh zevar
nejmenší (Sparganium notes).
Přírodovědně zajímavé jsou také strojově odtěžené plochy,
které byly v 90.letech zavodněny a přičleněny k PR Borkovická blata.
V zatopených částech se vytvořil mezotrofní mokřad tvořený porosty ostřice
zobánkaté, tůněmi a většími vodními plochami. Díky vyšším hodnotám pH než
na vlastním rašeliništi mokřad představuje ideální podmínky pro růst řas,
které z naší přírody téměř vymizely. Z hlediska výskytu rašeliništní řasové
flóry je lokalita jedním z desítky nejcennějších území 4ech. Naopak na suché
rašelině postupně vyrůstá nálet borovice (převažuje borovice lesní).
Značné plochy rašelinného povrchu zde pokrývá invazní mech křivonožka vehnutá
(Campylopus introflexus) s lístky vybíhajícími v bílé chlupy. Pochází z
jižní polokoule, v Evropě byl poprvé sbírán roku 1941, na našem území byl
objeven v roce 1988 právě na Borkovických blatech. Vlhká rašelina je zároveň
ideálním prostředím pro naši nejznámější rostlinu – rosnatku okrouhlolistou
(Drosea rotundifolia), která lapá hmyz na své lepkavé listy. Kořist na nich
uvízne a rostlina ho ihned začne vstřebávat pomocí trávicích enzymů.
Houby
Díky našemu přednímu mykologovi dr. F. Kotlabovi, který tuto lokalitu
sleduje již několik desítek let, jsou borkovická blata z mykologického
hlediska jednou z nejlépe probádaných lokalit Táborska. Celkem zde bylo
zaznamenáno více než 400 druhů hub včetně řady velice vzácných. Kriticky
pohrožené jsou např. Zlateček zavěšený (Ipicodopn pendulus), který roste na
kmenech borovic, nebo v rašeliníkových porostech se vyskytují pazoubek
rašeliníkový (Geoglossum labrum). Na rašelině či v rašeliníku rostoucí
silně ohrožená a chráněná holubinka rašelinná (Russula Herodes).
K silně ohroženým houbám patří i chráněný klouzek žlutavý (Suillus flavidus),
také chráněná kržatka vrásčitá (Tubaria confragosa) a outkovka žlutavá
(Diplomitoporus flavescens).
Živočichové
Rašeliniště představuje zajímavý biotop také z hlediska výskytu rozličných
skupin bezobratlých, především hmyzu. V území bylo zjištěno 36 druhů vážek,
tři z nich jsou silně ohrožené: vážka tmovoskvrnná (Leucorrhinia rubicunda),
lesklice skvrnitá (Somatochlora flavomaculata) a šídlo luční (Brachytron
pretense). Sedm dalších patří mezi ohrožené druhy, přičemž vážka jasnoskvrnná
(Leucorrhinia pectoralis) je chráněná v celé EU.
Z brouků se zde nejvíce uplatňují drabčíci, kterých je odtud známo téměř
sto druhů včetně některých ohrožených i silně ohrožených druhů. Jedním z
dominantních druhů je také rašeliništní střevlíček. V tůňkách je poměrně
běžný malý potápník.
Na rašeliništní prostředí jsou také vázáni někteří vzácní motýli. Housenky
ohroženého modráska stříbroskvrnného (Vacciniina stilete) žijí na borůvce
a vlochyni, housenky silně ohroženého perleťovce severního
(Boloria aquilonaris), kriticky ohrožený okáč stříbrotoký
(Coenonymoha tullia) a chráněný bělopásek tavolníkový (Neptis rivularis).
Výskyt ohroženého žluťáska borůvkového (Collias palaeno), který je vázán
na keříky vlochyně, se v posledních letech již nepodařilo ověřit.
Výsadní postavení mezi živočichy žijícími na Blatech má přeskočilka –
druh blanokřídlého hmyzu.
Mezi zdejšími pavouky je hojným druhem lovčík vodní (Dolomedes fimbriatus), který nastaví sítě, žije v rašeliníku a běhá i po vodní hladině. Tůně a zatopené plochy mají zásadní význam pro rozmnožování obojživelníků. Z žab jsou tu nejhojnější zástupci „zelených“ skokanů – skokan krátkonohý (Rana lessonae) a především skokan zelený. Tzv. „hnědé“ skokany zde prezentuje silně ohrožený skokan ostronosý (Rana arvalis). Žijí tu také ropucha obecná (Bufo bufo), blatnice skvrnitá (Pelobates fuscus) a rosnička zelená (hyla arborea). Ocasné obojživelníky na lokalitě zastupují čolek obecný a silně ohrožený čolek velký. Na jaře v době rozmnožování jsou jejich samečci pestře zbarvení.
Chráněné plazy na lokalitě zastupují ještěrka obecná (Lacerta agilis), ještěrka živorodá (Zootoca vivipara), slepýš křehký (Anguis fragilit), užovka obojková (Natrix natrix) a ohrožená zmije obecná (Vipera berus).
Rozsáhlé porosty borkovických lesů i náletové březiny mají své typické ptačí
obyvatele. Hnízdí jich tu přes 50 druhů. Žijí skrytě, jejich přítomnost
prozradí jen zpěv nebo křik, kterým upozorňují své druhy, kde se právě
nacházejí. Celoročně můžeme slyšet vábení sýkory parukářky (Parus cristatus),
sýkory uhelníčka (Parus ater) nebo hýla obecného (Pyrrhula Pyrrhus).
Nápadné je volání datla černého (Drycopus martius).
Jiní ptáci se ozývají
jen na jaře. Mezi ně patří také náše nejmenší sova – ohrožený a chráněný
kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum), který se živí lovem sýkor a
drobných savců. Hnízdí zde i jiní predátoři jako kalous ušatý (Asio otus)
anebo ohrožení a chránění dravci jestřáb lesní (Accipiter gentilis),
krahujec obecný (Accipiter ninus) a včelojed lesní (Pernis apivorus),
který je silně ohrožen. Hojnější je káně lesní (Buteo buteo), která lesy
využívá k hnízdění, zatímco za potravou létá do okolí. Vzácně se tu vyskytuje
také ohrožený a chráněný kurovitý pták jestřáb lesní (Bonasa bonasia).
Na otevřených plochách můžeme spatřit chráněného bramborníčka hnědého
(Saxicola rubetra). Nápadný je zde zpěv linduška luční (Anthus pratensis),
stejně jako zpěv lindušky lesní (Anthus trivialis) na pasekách.
Na pasekách borových lesů, díky množství velkého hmyzu, hnízdí několik párů
silně ohroženého lelka lesního (Camprimulgus europaeus). V letech, kdy je v
okolní krajině přemnožen hraboš polní, zahnízdí v porostech ostřic a
suchopýrů severská sova Kalous pustovka (Asio Flammeus). V otevřených silně
podmáčených plochách pravidelně hnízdí zástupce bahňáků – bekasina otavní
(Gallinago gallinago). U jezírek nachází úkryt pro své hnízdo kriticky
ohrožená čírka obecná (Anas crecca).
V posledních letech se zde vyskytuje také chráněný jeřáb popelavý (Grus grus).
V oblasti byl opakovaně pozorován také náš největší savec – ohrožený a chráněný los (Alces alce). V ČR po předchozím vyhubení žije opětovně od roku 1957. Hojně se zde objevuje i srnec obecný (Capreolus capreolus). Z drobných savců v lesních biotopech dominují myšice lesní (Apodemus flavicollis) a norník rudý (Clethrionomys glareolus). Na otevřených rašeliništích plochách je nejhojnějším druhem náš nejmenší savec – rejsek malý (Sorex minutus).