Jeskyně
Jeskyně byla objevena roku 1863 při práci v lomu, kdy jednomu z lamačů spadlo do pukliny ve skále kladivo. Roku 1868 se po úpravách stala první turisticky zpřístupněnou jeskyní na území České republiky. V současné době si cca 300 m dlouhou trasu prohlédne až 40000 návštěvníků ročně. V polovině 20. století byla jeskyně vyhlášena přírodní rezervací a v roce 1992 převedena do kategorie národní přírodní památka.
Činností podzemních vod se zde v hrubozrnných krystalických vápencích vytváří složitý krasový systém dlouhý asi 1400 m.
Zbarvení stěn je velice pestré díky příměsím v mramorech. Podzemní tok jeskyně je významným zdrojem vody pro Chýnov.
Přestože statigrafické rozdělení hornin moldanubika není dodnes zcela vyjasněno, rozlišují se v něm dvě základní skupiny vrstevního sledu - starší se nazývá jednotvárná, mladší pestrá. Pestrou skupinu charakterizují hojné vložky odchylných hornin jako jsou vápence, amfibolity a erlany. Mezi ně patří i hrubozrnné krystalické vápence (mramory), v nichž vznikla Chýnovská jeskyně. Základ pro horniny jednotvárné skupiny vznikl pravděpodobně již v období středních starohor, tedy před více jak miliardou let a to v rozsáhlé mořské pánvi. Od té doby probíhala v některých oblastech také aktivní sopečná činnost. Kromě podmořských výlevů lávy vyvrhovaly činné sopky velké množství popela a úlomků hornin. Společně se sopečným materiálem se pak v již poněkud mělčím moři mladších starohor usazovaly též hojné zbytky jednoduchých organismů s vápnitými schránkami a vytvořily vrstvy původních sedimentárních vápenců. Horotvorné procesy v následujících geologických obdobích usazeniny mořského dna za vysokých tlaků a teplot přeměnily (metamorfovaly). Vznikly tak krystalické vápence (mramory) a ze sopečných produktů dnešní amfibolity.
V roce 1954 byl první záznam o netopýrech. Byli to netopýři řasnatí. Od roku 1981 jsou netopýři v jeskyni pravidelně sledováni a dosud byla zjištěna přítomnost devíti druhů. Počet zimujících jedinců tohoto druhu se ročně pohybuje v rozmezí 30-75 ks, což z Chýnovské jeskyně dělá největší přirozené zimoviště tohoto druhu v Evropě. Dalšími druhy jsou: netopýr velký, netopýr ušatý, netopýr vodní, netopýr večerní, netopýr černý, netopýr vousatý, netopýr Brandtův a netopýr velkouchý. V roce 1989 byl do jeskyně přenesen pavouk křižák temnostní, který se úspěšně rozmnožuje v okolí vchodu. Byly zaznamenány některé druhy korýšů, např. beruška zední nebo stínka. Z motýlů se zde můžeme nejčastěji setkat s můrou sklepní a píďalkou. Typickými obyvateli podzemních prostor jsou plži slimák popelavý, vrásenka okrouhlá, skelnatka drnová nebo chrostík.