K Třeboni se Zlatá stoka blíží z jihovýchodu pod hrází Opatovického rybníka. Nejprve obtéká jihovýchodní výběžek Třeboně se sádkami postavenými pod hrází rybníka Svět, který založil Jakub Krnčín roku 1574. Nyní je rybník využíván převážně k rybaření a ke koupání. U úzké šíje oddělující Opatovický rybník a Svět přechází přes Zlatou stoku po úzké lávce pěšina pokračující dále podél stoky.
Z počátku je zástavba pouze pod sádkami na levém břehu Zlaté stoky, zatímco bravý břeh lemuje úzký pás stromů. Asi ve třetině úseku pod hrází Světa stoku přetíná silnice II/154 z Třeboně na Nové Hrady, před níž pás stromů končí a za silničním mostem ji na pravém břehu nahrazuje zahrádkářská oblast. Ta asi po 200 m ustupuje od stoky a na břeh se opět vrací úzký pruh stromů, který před následující lávkou přes Zlatou stoku k bývalému Schwarzenberskému seníku opět končí. Až k Hradecké bráně pak už pravý břeh stoky lemuje jen rozvolněná řada stromů.
Hned za rybníkem Svět byl na Zlaté stoce v roce 1633 hejtmanem Janem z Eskersdorfu vybudován Příkopský mlýn. Hlavním důvodem stavby byl úbytek mlýnské kapacity po zániku panského mlýna. V roce 1747 zřídila vrchonost u mlýna vodní stroj, od nehož se voda převáděla do knížeckého pivovaru a zámku. V roce 1904 byl mlýn přestavěn na moderní válcový. V roce 1931 byla vodní kola nahrazena turbínou v nově vybudované tzv. kašně. Mlýn byl v provozu do 50. let 20. století, v 60. létech byl přestavěn na bytové jednotky. Od roku 1958 je objekt mlýna památkově chráněn.
V minulosti byl nazýván též mlýn Zelenkův či mlýn Ciprýnův, a to podle jeho posledních dvou majitelů. Pro Zlatou stoku stále znamená ztrátu 2,1 m výšky.
V těsném sousedství příkopského mlýna se na levém břehu Zlaté stoky objevují vysoké zdi východního okraje třebonského pivovaru. Pivovar prodávající pivo pod obchodní značkou Bohemia Regent byl založen v roce 1379. Po roce 1698 se již ve vlastnictví knížete Schwarzenberga přestěhoval do bývalé rožmberské zbrojnice s vchodem z Trocnovského náměstí. Přestavba pivovaru do současné podoby se uskutečnila ve druhé polovině 19. století. Na začátku 20. století už měl sklady nejen v Čechách ale i např. ve Vídni či Lvově.
Zlatou stoku pak překonává ještě jedna lávka pro pěší, načež se stoka přibližuje těsně s samému středu Třeboně - obtéká náměstí z východu. Východní stranu náměstí uzavírá Hradecká brána (rozumí se tím brána jindřichohradecká), jejíž jádro pochází z let 1525–1527, kdy se brána stala součástí zdokonaleného městského opevnění. Podlehla všem požárům, které město postihly, a vždy potom byla přestavována. Dnešní podoba je z roku 1875. Hradecká brána rovněž zpřístupňovala jednu z nejstarších nám známých cest na Třeboňsku – Ličovskou cestu.
Za Hradeckou brnou míjí zlatá stoka několik penzionů na levém břehu, k nimž vedou lávky položené přes stoku. Pak už se na jejím pravém břehu objevují vyhlášené Bertiny lázně.
Bertiny lázně byly založeny během druhé polovině 19. století, v roce 1883 zde podstoupili lázeňskou léčbu první pacienti. Na lázeňské promenádě směrem k Hradecké bráně a k baroknímu sousoší Sv. Jana Nepomuckého (datovanému donátory "anno 1726") u Zlaté stoky stojí též barokní domek v němž jak připomíná pamětní deska přebýval Josef Kajetán Tyl, při svém třeboňském pobytu.
Za Bertinými lázněmi vtéká Zlatá stoka do severní části rozsáhlých Komenského sadů, které slouží mj. jako kolonáda Bertiných lázní.
Na severozápadním konci Komenského sadů byl postaven sportovní areál s Tyršovým stadionem. Podél jeho severního okraje již Zlatá stoka opouští běžně navštěvovanou část města Třeboň.
V odlehlém, téměř zapomenutém a obtížně přístupném místě za sportovním areálem Zlatá stoka nejprve akvaduktem překonává Spolský potok, přičemž stavidlo umožňuje regulovat přepouštění vody do níže položeného Spolského potoka. Vzápětí se Zlatá stoka stáčí k severozápadu a pozvolna se přibližuje k železniční trati Veselí nad Lužnicí - České Velenice. U ní se obrací k severu a trať podtéká, čímž Třeboň definitivně opouští.
Při zpracování této stránky byly použity následující podklady:
Petr Švanda, 2.B