Vegetace Zlaté stoky a jejího okolí odpovídá flóře CHKO Třeboňska. Flóra této oblasti je velice rozmanitá a krásná.
Na horním toku se vyskytuje Stulík žlutý. Kořen stuhlíku roste do hloubky 50 až 200 cm v bahnitém dně. Z kořene vyrůstá stonek a dlouhé stopky listů. Listy a květ plavou na hladině. Dává přednost slunečným stanovištím.
V Třeboni se vyskytuje Lakušník Štítnatý. Jedná se o vodní rostlinu, která může po vyschnutí vegetovat i na obnažených dnech. Ve stojatých vodách, zřídka i v pomalu tekoucích, často vytváří monodominantí rozsáhlé porosty nebo porosty smíšené s jinými vodními rostlinami.
U hrdla se vyskytovala ohrožená žebernatka bahenní. Žebernatka má článkovaný rozvětvený oddenek, který se plazí v bahně a z nějž vyráží květonosné stvoly. Ty jsou naplněny vzduchem, stojí proto přímo nad vodou. Po odkvetení však vypustí vzduch a ponoří se pod vodu. Listy mají hřebínkovitý tvar. Květy mají pětidílný kalich, pěticípou, bílou nebo narůžovělou, v ústí žlutou korunu.
Od Třeboně po Rožmberk se také vyskytují křoviny, ty se zde vyskytují díky ne tak časté údržbě. Břeh je téměř po celé délce lemován dřevinami, kupříkladu: dub letní, jasan ztepilý, topol černý, vrba křehká, vrba popelavá, vrba trojmužná, vrba košařská krušina olšová. Avšak nejhojnější z nich je olše lepkavá.
Při zpracování této stránky byly použity následující podklady:
Martin Šedivý, 2.B