V roce 1505 přišel Štěpánek Netolický s projektem na zásobování celé krajiny vodou.
Umělý kanál byl vystavěn v létech 1508−1518. Většina délky stoky vznikla vyhloubením, ale část je vedena i mezi uměle navršenými valy. Při stavbě se používaly jednoduché nástroje jako například průhledítko, vodováha, provaz, lopaty a krumpáče.
Na horním toku předcházel Zlaté stoce kanál Strúha, který měl oproti Zlaté stoce hodně nevýhod. Jednou z nich bylo zaplavování luk nebo naopak nedostatek vody.
Původní počátek stoky se nacházel níže po proudu Lužnice a ve druhé polovině 16. století ho Jakub Krčín posunul o 4 km výše, a to nad dnešní jez Pilař. Dále byla Zlatá stoka Krčínem přemístěna na východní okraj Třeboně z důvodu výstavby rybníka Svět. Krčín také vybudoval v místě nátoku do stoky kamenný jez, který zaručoval větší odběr vody.
Před názvem Zlatá stoka, který vnikl za Schwarzenbergů a byl výrazem jejího ekonomického významu pro provoz rybniční soustavy, se používal název Příkop, později pak Panská řeka.
Funkcí Zlaté stoky bylo napájení několika menších rybníků, pohon mlýnů, plavení dřeva a také zásobování vodou město Třeboň.
Při zpracování této stránky byly použity následující podklady:
Zuzana Svobodová, 2.B